免疫がリンパ球優位であることがアトピー性皮膚炎や気管支喘息の原因と考え、好中球優位の体質に改善するように、針刺激や爪もみを行う方法が提唱されている。アトピー性皮膚炎に限らず自律神経免疫療法は様々な分野で応用可能であるといわれている。

アトピーの原因は背骨の歪みに起因する自律神経の乱れにあるとし、これを治すもの。背骨の歪み以外にも、アトピー患者には姿勢が悪い人が少なからずおり、自律神経との関係でアトピーを悪化させている可能性があるといわれている。

アトピー患者は副交感神経が常に、そして過剰に緊張しているために痒さが増幅しているので長吸短呼（長く吸って短く吐く）の呼吸によって交感神経を緊張させ、痒さを軽減するという理論。

他の病気に対する民間療法ではリラックスを司る副交感神経を緊張させることを重視する場合が多いが、アトピーでは逆に副交感神経が過剰活性化している場合があり、その度合いが高いほど痒さが増す。外に出ていて帰宅し、ほっと一息ついたら痒くなる事があるが、これは交感神経が緊張している状態から副交感神経が緊張している状態に変わったことに対応している場合がある。

継続的なストレスによって症状が増悪している場合もあるので、この理論がすべての患者に当てはまるわけではない。しかし、副交感神経が緊張するとリンパ球が増加して免疫力が高まりアトピーの症状も悪化するため、長吸短呼はその面からもアトピーに有効だと言うことができる。

なお、自律神経やリンパ球とは関係なく、アレルゲンの体内侵入を防ぐという目的でも鼻呼吸は有効である。

冬季など乾燥時期の就寝時に、加湿器をかけておくと過ごしやすい。これは吸気から体内に水分が補給できるためと考えられる。

浸透圧によって血中の老廃物を強制的に排出していると言われるが、実際にどう作用しているかは分かっていない。なお塩浴では塩風呂に浸かるのではなく塩水で体を洗う。ミネラルの多い塩の方が効果が高いとも。

海水浴で効果がある場合、塩水の混じる温泉も効果がある。塩浴が効かない者でも、海水浴療法が効果がある場合がある。しかしいずれの場合も「リラクゼーション効果によるもの」とする説もある。

当然ながら、塩水との接触によるかぶれから症状が増悪する場合もある。その為海水には浸からずやや強い紫外線によってPUVA療法に似た効果を期待する海水浴療法もある。

最も最適な入浴方法は、炎症部位を水中に浸けておくこと、出来るだけ長い時間水に浸かっていることである。ほこりなどのハウスダストとダニまたはその死骸がアレルゲンとなり、炎症で壊れた皮膚の中に入り込み炎症をさらに悪化させることがあり、それを入浴することにより落とすのが主目的である。それは空気中には多く存在するが、風呂の湯船においては表面張力により水面に張り付いてしまい、水中にはほとんど存在しない。

* 全身の体質を調整するのに有効。継続した治療が必要で、1回の施術で治るものではない。
* 整骨院やあんま・マッサージを主としてる治療院では、肩こり・腰痛などの診断・治療しか念頭に入れていないため、鍼灸専門、もしくは脈診などの東洋医学的診断を行う所で治療を受ける方が適切である。
* 鍼灸治療も学会が枝葉に分かれているために、治療内容が異なっており、体質改善のための治療としてはどこの治療院でも有効な治療ができるとは限らないので合わない治療をされるとかえって悪化を招くので注意。
* アトピーの体質としてある痒みによる不眠、多夢、足の冷え、イライラ感、憂鬱感にもある程度効果がある。
* 鍼（針）は痒みのある部位に刺すわけではなく、東洋医学の診断に基づいた手足のツボに治療することが多い。
* 灸はツボとしては、深谷灸法という治療法で肩?というツボにお灸を行う。他にも痒い部位にすることも多く、皮膚炎の周囲と、一番痒いところに米粒くらいの艾（もぐさ）でお灸をする。痒みのあるところは痛みを感じにくく、熱さに対して鈍感であり、また少し火傷（やけど）にもなりにくい傾向がある。
* 同様にツボを刺激するリフレクソロジーを日本で普及させたRAJAの藤田桂子は、足ツボ刺激療法と食事療法、スキンケアの併用で、娘のアトピー性皮膚炎を大きく改善させたと、自らの著書「英国式リフレクソロジー生活」で紹介している。
* 神経系統を刺激する療法においては、時としていわゆる好転反応がおきやすい。一時的に症状の悪化を招くことがあるので、必ず経験者に経過を見せ、アドバイスを得る必要がある。炎症がひどいときはステロイド外用剤の使用をためらうべきでない。

* アトピーの原因は胃腸あるいは小腸が正常に働いていないためにアレルゲンとなる物質が未消化のまま吸収されることや、腸内細菌叢が乱れていることであるとし、これを正常化することにより治療を目指すという考え方がある。ただし、いわゆる食物アレルギーの場合は別として、本当に患者の腸に異常があるのか、提唱者の方法でそれが改善されるのか、という点は十分に検討されているとはいえず、この方法には疑問が残る。
* SOD様食品療法(実際には不飽和脂肪酸、コーヒー、チョコレート、青魚の除去等も含めた複合療法)がある。四国・土佐清水の丹羽耕三医師とその治療法の研究グループが提唱しているものである。いわゆる活性酸素を除去する酵素スーパーオキシドディスムターゼ（SOD）の作用を持つ食品により症状の改善を目指すという。この治療法ではある程度以上の症状のある患者にはステロイドを配合した薬も処方し、特に入院しなければならないほどの重症患者に対しては、密封法でステロイドを使用する。SOD様食品をはじめとする治療法の併用により効果が高まりステロイドの副作用が軽減されると主張している。ただし、活性酸素は実際にDNAの損傷をはじめとする細胞障害性が報告されているものの、これを抑制することによる治療法に関しては、臨床試験などで実際に効果が証明されたことはない。そのためこのグループの治療効果は結局のところステロイド外用剤によるものではないかという疑問も残る
* n-6系の脂肪酸はアラキドン酸に変換され、痒みのメカニズムの一部を担うロイコトリエン等のメディエーターに変換される。したがってアレルギー疾患の患者はn-6系の脂肪酸を多く含む肉類を控え、n-3系の脂肪酸が多い魚、植物油などをとるとよいという説がある。しかしながら臨床的にはこの説は確かめられていない。
* アルコールが直接皮膚炎に影響するという報告はないが、体温の上昇によりかゆみを増強することがある。また一部の患者で蕁麻疹を誘発することもあり、患者によっては摂取を控えるべきだろう。
* 砂糖がアトピー性皮膚炎を悪化させるという説が広く流布しているが、その因果関係は実際には報告されていない。特に白糖が悪いとして代用品として黒糖や三温糖などを薦める意見もあるが、現代の食生活では不足がちとなるミネラルを補給する意義は認められても、白糖そのものが悪いという証明にはならない。
* マーガリンやショートニングに多く(10%前後)含まれるトランス脂肪酸が、アトピー性皮膚炎などアレルギー疾患の要因となるという調査報告がある。
* 鯖やサンマ等の青魚はヒスタミン物質が多く、摂取は控えたほうがよいという説もある。
* 患者にとってどちらかといえば消極的だが確実な対処方法として、毎食のメニューを詳細に記録しておき、食後に痒みが生じたような食材を、以後は避けるようにするやり方がある[要出典]。似たようなメニューでも調理方法によって、差が出ることがあるので、アレルゲンを神経質に気にするより、現実的な方法と言える。
* 喫煙とアトピー性皮膚炎の症状の因果関係を追った研究は乏しいが、一般的な健康に与える影響のイメージから、アトピー性皮膚炎においても否定的な意見は多い[要出典]。また、副流煙に含まれる各種有害物質によって皮膚表面に痒みや炎症が起き、これが皮膚炎に発展する場合もある。いずれにしてもタバコの煙は身体にとって強いストレスになるので、一般に喫煙は推奨されない。また、非喫煙者にあっても、タバコの煙に接触した場合は速やかに洗い流すことがスキンケアの一環として推奨されている。-->
* 独立行政法人 農業・食品産業技術総合研究機構 野菜茶業研究所の報告によるとべにふうきという茶樹品種に多く含まれるメチル化カテキンが、抗アレルギー機能を示しているとされている。

「脱ステロイド」の本来の意味とは、アトピー性皮膚炎の症状が改善傾向にないのに現在治療に使用中のステロイド外用剤を中止して、ステロイド外用剤を使用せずにアトピー性皮膚炎の症状をコントロールする方法のことである。ステロイド外用剤は非常に高い有効性を持つ薬剤であるが、特に重症例では正しく医師の指導の下に使用していても十分に症状を抑えられない例や、長期の連用により皮膚萎縮、接触性皮膚炎、二次感染といった副作用をきたす例が存在する。 このような症例において副作用から脱却したり、ほかの治療法を模索するといった過程で脱ステロイド療法が行われることがあり、実際にそのようなケースに限ってはステロイド剤の中止が有効であったという報告もある。しかし当然ながら、このような治療法に踏み切るためには、現在のステロイド外用剤による治療が効果をもたらしていないのかを慎重に判断する必要がある。

一方で「脱ステロイド」という言葉がアトピービジネスにおいて多々使用されることがある。その理由であるが、アトピービジネスは、他の科学根拠のない代替療法を勧めるため、「ステロイド外用剤はアトピー性皮膚炎を悪化させる」「ステロイド外用剤のリバウンドが続いている」「ステロイドを使用した年月に比例して治療に時間がかかる」「病変部から<毒>が排出されているので湿疹は好転反応である」などの独自理論を説明し、ステロイド剤に対して恐怖を煽り、ステロイド剤を中止させようとする場合が多いためである。さらに自然主義的観点からプロトピックの使用も是としないことが多い（脱プロトピック）。当然これらの主張に医学的な根拠は無い。このような業者に脱ステロイド療法（およびそのビジネス独自の療法）を指示されて極端に悪化し、かゆみが強く夜も眠れないなど生活に支障をきたしたり、ひどい場合緊急入院という結果となる症例が多数発生し続けている。少数ながら合併症による死亡例もある。また、アトピービジネスやマスコミによるステロイド剤の恐怖などの誇張した宣伝の結果、治療が難航している患者が自己判断で「脱ステロイド」を行い、症状が急激に悪化するという悲劇的な2次的被害もみられる。一時期、社会問題になったこともあった。

以上のように科学的根拠のないステロイド害悪論に基づいた「脱ステロイド」は危険であり、実施するに当たっては実際の病態がステロイドの弊害によってもたらされているのかを多数の医師とよく相談して判断した方が良い。その際、プロトピック軟膏やPUVA療法、シクロスポリンといった他の治療に切り替えながら様子をみることが多いので、それに関しても医師と十分に相談すべきである。

薬物以外の治療（ストレスの除去）

* 家庭・学校・職場における本疾患の理解と協力が必要である。
* 必要であれば精神療法を行うこともある。

薬物以外の治療（日常生活の指導）

* 皮膚はいつでも清潔に保つ。
* 皮膚の保湿をおこない、乾燥させない。
* 爪は短く切り、滑らかに磨いて皮膚を傷つけないようにする。
* 適温・適湿の環境を心がける。
* 刺激の少ない衣類を着る。
* 汗をかいたらこまめに着替えるようにする。
* 室内を清潔に保つ。

過剰に皮脂を奪う石鹸は避けたほうがよいが、その一方、十分に皮脂が洗い流されないとかゆみや菌の繁殖によってかえって症状を増悪させる場合もある。皮膚科の専門医によっては、オリーブ石鹸などの無添加かつ低刺激性石鹸の使用を薦める場合があるが、「アトピー患者向け」として推奨されるものや高価な「敏感肌用石鹸」が必ずしもすべての患者に合うわけではない。実際に試すなどして、個個人にあった製品を選択する必要がある。

また一部の症例では頭皮の病変部に真菌が生息していることが報告されており、これにより抗真菌剤を配合したシャンプーを薦める医師もいる。頭皮から上半身にかけての症状は、シャンプーやリンスなどによる接触性皮膚炎である場合もあるため、製品をかえると改善することがある。

* アトピー性皮膚炎の原因が、明らかに食物アレルギーが原因または悪化要因となっている場合には、食事制限が必要となる。一時期には厳密な食事制限が実施されたが、成長に伴い食物の影響は低くなるケースが多いことと、厳格な食事制限の結果子供の一部に成長障害が起きることが多々みられるようになったという理由で、以前よりは比較的穏やかな方法がとられるようになった。そのため管理栄養士などともよく相談して慎重に行う必要がある。
* アトピーの治療というより食物アレルギーの治療である。食事制限により、皮膚の炎症を直接、抑えるものではないので注意が必要である。
* 血液中のIgE抗体が、どのアレルゲンに反応するかを調べるRAST法では、総IgEが高い場合、多数種の抗原に対して陽性となる傾向があるが、それは実際の症状と相関しない場合があることがわかっている。食事制限の方針を決める際には、パッチテスト、少量を試験的に摂取するなどの実際のアレルギー反応を見る方法で判断したほうがよい。
* また乳児に対しては、時期尚早な離乳食への移行や、同一の食品を連続して摂取させるなどの、食物アレルギーを誘発する行為は避けるべきである。

「ダニ」・「ハウスダスト」がアレルゲンとなっている場合が多く、実際に他の疾患の治療でホコリのない無菌室に入った際に劇的に改善することは良く知られている。部屋のホコリ掃除や換気をこまめに行い、寝具を日光に干す頻度を増やす。多くの患者では多種類のアレルゲンが関与し、また完全にダニなどを除去することも難しいため必ずしも効果があるとは限らないが、著効例も報告されている。

愛玩動物の皮屑も主要なアレルゲンの一つであり、さらに飼育管理によってはダニの原因にもなっているため、基本的には飼わないのが無難である。ただし心情的に動物を手放すのが難しい場合もあり、患者の家族環境の問題でもあるため、慎重な態度をとる医師も多い。段階的に、まず医療機関でRAST法などの血液検査を行い、患者の症状の原因となっているかを調べ、また実際に飼育している動物との接触で症状が悪化するかを調べ、原因であることを確定してはじめて除去を行うという指導もある。